1. 在紫外灯下切下含有目的DNA 的琼脂糖凝胶，用纸巾吸尽凝胶表面液体并切碎。计算凝胶重量（提前记录1.5 ml 离心管重量），该重量作为一个凝胶体积（如100 mg=100 μl 体积）。
2. 加入3 个凝胶体积的Buffer DE-A，混合均匀后于75°C 加热（低熔点琼脂糖凝胶于40°C 加热），间断混合（每2-3 min），直至凝胶块完全熔化（约6-8 min）。
* Buffer DE-A 为红色溶液。在熔化凝胶的过程中，可以帮助观察凝胶是否完全熔化。
3. 加0.5 个Buffer DE-A 体积的Buffer DE-B，混合均匀。当分离的DNA 片段小于400bp 时，需再加入1 个凝胶体积的异丙醇。
* 加Buffer DE-B 后混合物颜色变为黄色，充分混匀以保证形成均一的黄色溶液。
步骤4-6 可以选择负压法或离心法。
A. 负压法
4A. 正确连接负压装置，将DNA 制备管插到负压装置的插口上。吸取步骤3 中的混合液，转移到制备管中，开启并调节负压至-25-30 英寸汞柱，缓慢吸走管中溶液。
5A. 加500 μl Buffer W1，吸尽管中溶液。
6A. 加700 μl Buffer W2，吸尽管中溶液。以同样的方法再用700 μl Buffer W2 洗涤一次。
* 确认在Buffer W2 concentrate 中已按试剂瓶上的指定体积加入无水乙醇。
* 两次使用Buffer W2 冲洗能确保盐份被完全清除，消除对后续实验的影响。
7A. 将制备管置于2 ml 离心管（试剂盒提供）中，12,000×g 离心1 min。
B. 离心法
4B. 吸取步骤3 中的混合液，转移到DNA 制备管（置于2 ml（试剂盒内提供）离心管）中，12,000×g
离心1 min。弃滤液。
5B. 将制备管置回2 ml 离心管，加500 μl Buffer W1，12,000×g 离心30 s，弃滤液。
6B. 将制备管置回2 ml 离心管，加700 μl Buffer W2，12,000×g 离心30 s，弃滤液。以同样的方法再用700 μl Buffer W2 洗涤一次12,000×g 离心1 min。
* 确认在Buffer W2 concentrate 中已按试剂瓶上的指定体积加入无水乙醇。
* 两次使用Buffer W2 冲洗能确保盐份被完全清除，消除对后续实验的影响。
7B. 将制备管置回2 ml 离心管中，12,000×g 离心1 min。
8. 将制备管置于洁净的1.5 ml 离心管(试剂盒内提供)中，在制备膜中央加25-30 μl Eluent 或去离子水，室温静置1 min。12,000×g 离心1 min 洗脱DNA。
* 将Eluent 或去离子水加热至65℃将提高洗脱效率。